Localitatea Budești este menționată documentar pentru prima dată într-un hrisov domnesc din 1526. Mai târziu apare într-un alt document din 1543. În perioada dinaintea războaielor mondiale găsim ca proprietar în zonă pe boierul Constantin Manu, care se trage din spiță domnească, cel care a ctitorit castelul din localitate. Castelul a fost practic desființat în perioada anilor comunismului prin furtul materialelor din care era construit. Populația predominant de etnie romă este adusă la muncile câmpului din vremuri îndepărtate, astfel cartierele în care locuiesc sunt denumite după meseriile pe care le practicau: inari (culegători de in), rudari (lucrători în lemn) etc.
La sfârșitul secolului al XIX-lea, Budești avea statut de comună rurală și făcea parte din plasa Negoești a județului Ilfov, fiind formată din satele Negoești, Poșta și Budești, având în total 2094 de locuitori. În comună existau o biserică ridicată de marele vornic Ioan Manu și o școală mixtă. La acea vreme, pe teritoriul actual al orașului mai funcționa în aceeași plasă și comuna Aprozi-Negoești, cu satele Aprozi, Frecați, Lacu Cocorului și Negoești, având în total 1235 de locuitori, ce trăiau în 281 de case și 12 bordeie. În comuna Aprozi-Negoești existau o moară cu aburi, o școală mixtă și două biserici.
Anuarul Socec din 1925 consemnează comuna ca reședință a plășii Budești din același județ și având în compunere satul Budești și cătunul Negoești-Poșta, având în total 1749 de locuitori. Comuna Aprozi-Negoești, denumită acum Aprozi făcea și ea parte din plasa Budești, având în compunere satele Aprozi, Negoești și Șoldanu. În 1931, comuna Aprozi a rămas doar cu satul Aprozi, celelalte sate separându-se pentru a forma comuna Negoești. Tot atunci s-a înființat comuna Gruiu, prin desprinderea satelor Gruiu și Buciumeni din comuna Herăști.
În 1950, comunele Budești, Aprozi și Gruiu au fost transferate raionului Oltenița din regiunea București, iar în 1968 au revenit la județul Ilfov, reînființat. Atunci, comunele Aprozi, Gruiu și Crivăț au fost desființate și incluse în comuna Budești. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași. Comuna Budești a devenit oraș în 1989, iar în iunie 2006, comuna Crivăț a fost reînființată, când satul Crivăț s-a desprins pentru a forma din nou o comună de sine stătătoare.